某机电工程公司经竞标承接到一日产10000t大型水泥厂的建设工程，因为工程规模较大，工程历经近两年的建设按合同规定的要求全部完成，现正进入试运行阶段，考虑竣工验收的顺利进行，该机电工程公司邀请业主和监理工程师参加各项试运行工作，遭到监理工程师的反对，并给出各项试运行组织的正确做法。由于安装质量高，准备得充分，各项试运行工作顺利完成。因为如此，该机电工程公司竣工验收的条件已经具备，于是向业主提出竣工验收申请。针对该申请，监理工程师提出了三个问题：一是鉴于工程规模较大，竣工验收的程序不对；二是竣工验收的组织不对；三是输煤机安装的类型在资料中没能反映等。对此该机电工程公司进行了认真的修改和补充，最终业主和监理同意启动竣工验收程序。

工业工程施工项目竣工验收应如何组织？