（1）金秋时节，丹桂飘香，能闻到桂花的香味，是因为桂花花香中含有的分子是在不断的运动的，向四周扩散，使人们闻到桂花花香．

（2）将50mL水与50mL酒精混合后，总体积小于100mL，是因为分子之间有间隔，一部分水分子和酒精分子会互相占据分子之间的间隔．

（3）氧气是由氧分子构成的，氮气是由氮分子构成的，氧气与氮气的化学性质不同，是因为不同物质的分子性质不同．

故答案为：（1）在不断的运动；（2）分子之间有间隔；（3）不同物质的分子性质不同．