A、铁属于金属单质，是由铁原子直接构成的，故选项错误．

B、汞属于金属单质，是由汞原子直接构成的，故选项错误．

C、氖气属于稀有气体单质，是由氖原子直接构成的，故选项错误．

D、水是由水分子构成的，不是由原子直接构成的，故选项正确．

故选D．