答案：D

题目分析：生态系统是指在一定地域内，生物与环境所形成的统一整体．它既包括某一地域的全部生物又包括环境，A、清源山所有的植物：只有植物，没有动物、细菌真菌等生物，也没有环境，B、清源山所有的植物和动物，没有微生物，也没有环境，C、清源山所有的生物：只有生物，没有环境，把生物与环境分割开了，所以ABC都不符合生态系统的概念，因此不是生态系统；D、清源山中所有生物及环境：既包括了清源山这个环境，也包括了清源山中所有的生物，符合生态系统的概念，是一个生态系统，故选D。