参考答案：

提取不同微生物菌种的总DNA，然后用限制性内切酶进行酶切，再进行琼脂糖凝胶电泳，分离和比较酶切片段的长度和多样性。由于亲缘关系不同的微生物菌种其DNA的核苷酸序列不同，存在的限制性内切酶酶切位点也不同，所以被切成不同数目和长度的DNA片段，比较这些片段的酶切图谱即可判断微生物之间彼此的亲缘关系。