参考答案：C

解析：

选项A，审计过程中遇到的重大困难可以与治理层沟通，但不一定以书面形式沟通；

选项B，计划的审计范围和时间安排可以采用书面或口头形式沟通；

选项C，上市公司审计中注册会计师的独立性必须采用书面形式沟通；

选项D，在审计中发现的值得治理层关注的内部控制缺陷应当采用书面形式与治理层沟通，而不是“所有”的内部控制缺陷都以书面形式沟通。