A、原子核又是由质子和中子构成，氢原子比较特殊，只有一个质子，没有中子，说法错误；

B、原子和分子都是构成物质的一种微粒，它们都是在不停地运动．说法正确；

C、构成物质的三种微粒是：分子、原子和离子，原子既可以构成分子，也可以构成物质；说法正确；

D、物质在发生物理变化时，分子没有发生变化，在发生化学变化时，分子发生了变化，原子不变．故说法错误．

故选BC