A、大理石磨成粉末，是大的颗粒变成小的颗粒，由于分子是用肉眼无法看到的，故A错；

B、降温能使水结成冰，变成固体，分子运动速度变小，分子运动的范围变小，故B错；

C、变瘪的乒乓球放入热水中能鼓起来，是由于分子受热时分子之间间隔变大，故C错；

D、由于同种分子性质相同，不同种分子性质不同，碘液能使淀粉变蓝，酒精不能使淀粉变蓝，是由于不同种物质的分子性质不同，故D正确．

故选D．