A、原子是化学变化中的最小粒子，不一定是构成物质的最小粒子；故A说法错误；

B、不同元素原子的核电荷数一定不同，这是不同元素的本质区别，故B说法正确；

C、核外电子排布相同的粒子不一定属于同种元素，如Na⁺和Ne原子的电子排布相同，但不属于同种元素，故C说法错误；

D、二氧化碳由二氧化碳分子构成，一个二氧化碳分子由一个碳原子和两个氧原子构成，故D说法错误．

故选B