参考答案：A, C, D

解析：选项A：自中华人民共和国境外港口进入境内港口的船舶，应当缴纳船舶吨税，包含中华人民共和国国籍的船舶。选项C：应税船舶在吨税执照期限内，因修理导致净吨位变化的，吨税执照继续有效。应税船舶办理出入境手续时，应当提供船舶经过修理的证明文件。选项D：吨税执照在期满前毁损或者遗失的，应当向原发照海关书面申请核发吨税执照副本，不再补税。