A、化学变化的实质是分子分成原子，原子重新结合成分子，故选项说法正确．

B、化学变化的实质是分子分成原子，故选项说法正确．

C、氢气是由分子构成的，但并不是所有物质都是由分子构成，金属、部分固态非金属、稀有气体是由原子构成，氯化钠、硫酸铜等是由离子构成的，故选项说法错误．

D、化学变化的实质是分子的破裂和原子的重新组合，故选项说法正确．

故选C．