A、物质都是由分子构成的，说法错误，有些物质由原子或离子构成，故A错误；

B、水分子是保持水的化学性质的最小粒子，说法正确，故B正确；

C、原子在化学变化中可以再分，说法错误，原子在化学变化中不可以再分，故C错误；

D、原子核是由质子和电子构成的，说法错误，原子核是由质子和中子构成的，故D错误．

故选B．