参考答案：

相同：都对藏区的行政事务和宗教进行了管理，加强经济手段控制力度，注重与藏区的物质文化交流。

不同：元朝时期派官员到西藏清查户口，进行管理。明朝时期是以贡赐和茶马互市的方式进行政治关系。清朝时期是派遣驻藏大臣入驻西藏进行管理。