A、构成物质的粒子有分子、原子和离子，物质不都是由分子构成的，原子、离子也能构成物质，故选项说法错误．

B、分子不一定都是由两个或两个以上的原子构成，如稀有气体的分子是由单原子构成的，故选项说法错误．

C、原子都是由原子核和核外电子构成的，故选项说法正确．

D、原子核不一定都是由质子和中子构成的，如氢原子原子核内只有质子，不含中子，故选项说法错误．

故选C．