A、水是由H和O元素组成的，冷却的开水中有氧元素，故A错误；

B、水分子是由H、O原子构成的，则冷却的开水中有氧原子，且原子不能供鱼呼吸，故B错误；

C、水中有氢原子，且氢原子不能供鱼呼吸，故C误；

D、因加热时水中的氧气逸出，则冷却的开水里缺少氧气，氧气可供鱼呼吸，故D正确；

故选D．