A、制取蒸馏水，是对水进行蒸馏，而得到纯净的水，这个过程是物理变化，故A错；

B、水的沸腾也是在加热的条件下温度升高达到了沸点而产生的物理现象，没有发生化学变化，故B错；

C、水的电解实验，是在通电的条件下水被分解成了氧气和氢气，也就说水分子变成了氧分子和氢分子，所以分子发生了改变体现了化学变化的实质，故C对；

D、通过对比实验，A杯中的酚酞变红而B杯中的酚酞没变色，说明分子是不断运动的这一性质，并不能说明分子可分，故D错．

故选C