参考答案：

根据《行政处罚法》规定，《烟草专卖许可证管理办法》中涉及的行政处罚种类包括警告、罚款、暂停烟草专卖业务、进行整顿与取消从事烟草专卖业务资格四种。主要适用于以下几种违法情形：

第一、申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料提出烟草专卖行政许可的；

第二、使用涂改、伪造、变造的烟草专卖许可证的；

第三、被许可人不按规定及时办理烟草专卖许可证变更、注销手续且拒不改正的；

第四、《烟草专卖许可证管理办法》第四十五条规定的相关情形的。