A、水蒸气遇冷凝结成水是水的状态发生了变化属于物理变化，没有新物质生成，水分子之间的间隔变大了，但水分子本身并没有变化；

B、水通电变成氢气和氧气的微观实质是水分子在通电的条件下分解成氢原子和氧原子，然后氢原子结合成氢分子，氧原子结合成氧分子．故水分子发生了变化；

C、蔗糖和水混合后得到糖水，属于混合物．其中糖水中的水是溶液中的溶剂．水分子没有发生变化；

D、海水淡化是除去了水中的一些盐分等杂质，这个过程中水分子本身没有发生变化．

故选B．