A、铁是由铁原子构成的，所以保持铁的化学性质的最小微粒是铁原子，故A正确；

B、水是由水分子构成的，所以保持水的化学性质的最小微粒是水分子，故B错误；

C、氧气是由氧分子构成的，所以保持氧气的化学性质的最小微粒是氧分子，故C错误；

D、氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，所以保持氯化钠的化学性质的最小微粒是钠离子和氯离子，故D错误．

故选：A．