参考答案：

(1)沙眼衣原体沙眼亚种所致人类疾病有：①由沙眼亚种A、B、Ba和C血清型引起沙眼；②由沙眼亚种B、Ba、E、F、G、H、I、Ia、J及K血清型引起包涵体结膜炎；③血清型与包涵体结膜炎相同的沙眼亚种引起泌尿生殖道感染。

(2)沙眼衣原体性病淋巴肉芽肿亚种(LGV)生物变种引起性病淋巴肉芽肿。

(3)肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体引起上呼吸道感染及肺炎。