某县城A物资供销公司，系增值税一般纳税人，2009年会计账已结。2010年2月15日企业所得税汇算清缴期限内，诚信税务师事务所受托对该公司上年度的纳税情况进行审核，出具2009年度企业所得税汇算清缴鉴证报告。注册税务师经过审核发现如下情况：
(1)2009年该物资公司全年主营业务收入 4000000元，其他业务收入100000元，全年利润总额-450000元，企业自行编制的纳税申报表中无纳税调整事项，企业所得税为零申报。全年在“管理费用”中列支业务招待费46000元。企业无工会组织。
(2)2009年底修建仓库发生运杂费合计50000元，企业账务处理为：
借：销售费用—运杂费 50000
贷：银行存款 50000
经核查，仓库尚未完工。
(3)2009年8月发出农机一批，为买方代垫运费20000元，记账凭证后附的原始凭证为运输企业开具给A物资供销公司运费发票及A物资公司开具给购买方的收据各一份。企业账务处理分别为：
①代垫费用时：
借：销售费用—代垫运费 18600
应交税费—应交增值税(进项税额)
1400
贷：银行存款 20000
②收回款项时：
借：银行存款 20000
贷：营业外收入 20000
(4)2009年10月一批水泥因管理不善完全报废，该批水泥不含税进价60000元，市场含税零售价为100000元，经公司领导批准，企业账务处理如下：
借：待处理财产损溢—待处理流动资产损溢
100000
贷：库存商品 100000
借：营业外支出 100000
贷：待处理财产损溢—待处理流动资产损溢
100000
(5)公司于2009年12月份为全体30名职工家庭财产支付商业保险费，每人1000元，合计 30000元，企业账务处理为：
借：管理费用—保险费 30000
贷：银行存款 30000
注册税务师进一步核查发现，该公司领导3人，每月收入均为5500元；中层干部4人，每月收入均为4200元；一般职工20人，每月收入均为2600元；3名新职工，每月收入均为1800元。企业按当地规定计提并上缴的社会保险费支出占工资总额的30%，其中单位和个人各负担 50%，个人负担部分包括在上述工资中。企业财务人员已按个人所得税税法规定每月代扣代缴了工资应纳个人所得税税款，全部税款均由个人负担。同时，财务人员按福利计划以14%、2.5%、2%的比例计提了职工福利费、职工教育经费、工会经费，经复核计算无误。假设，企业发生非正常损失需经税务机关审批后才能在税前扣除。
要求：
(1)扼要指出A公司存在的纳税问题。
(2)计算应补(退)各税费。
