A、加碘食盐中的碘是以碘酸钾存在的，不能以单质存在，单质不利于人体吸收，故A错误；

B、自然界不存在钙分子，自然界存在碘分子，但人体内不存在碘分子，故B错误；

C、加碘食盐、高钙牛奶中的“碘”和“钙”存在于无机盐中，则指的是元素，故C正确；

D、原子不能单独存在于物质中，也不符合题意，故D错误；

故选C．