A、纯净物不一定是由分子构成的，例如金属是由原子的，故A错误；

B、氮气是纯净物，由氮分子构成的，故B正确．

C、铁是金属单质，由原子构成，故C错误．

D、糖水是混合物，是由糖和水组成既有蔗糖分子也有水分子，故D错误．

故选B．