（1）分子与原子的根本区别是：在化学变化中分子可分，原子不可分；

（2）由于分子间有间隔，将50mL水与50mL酒精混合后，水分子和酒精分子会互相占据分子之间的间隔．所以，体积小于100mL．

（3）氧气是由氧分子构成的，氢气是由氢分子构成的，分子的构成不同，物质的化学性质就不同．

故答为：（1）在化学变化中分子可分，原子不可分；（2）分子之间存在间隙；（3）分子的构成不同，物质的化学性质就不同．