参考答案：C,D

解析：选项A错误。《关于内地与澳门特别行政区相互认可和执行仲裁裁决的安排》第2条规定，在内地或者澳门特别行政区作出的仲裁裁决，一方当事人不履行的，另一方当事人可以向被申请人住所地、经常居住地或者财产所在地的有关法院申请认可和执行。内地有权受理认可和执行仲裁裁决申请的法院为中级人民法院。两个或者两个以上中级人民法院均有管辖权的，当事人应当选择向其中一个中级人民法院提出申请。澳门特别行政区有权受理认可仲裁裁决申请的法院为中级法院，有权执行的法院为初级法院。本题中，乙公司在广东、上海和澳门均有财产，因此广东、上海、澳门的有关法院对甲公司申请认可和执行仲裁裁决均有管辖权。由于广东、上海在内地，当甲公司向内地申请认可和执行仲裁裁决时，乙公司财产所在地的广东和上海的中级人民法院均有管辖权，甲公司应当选择向其中一个中级人民法院提出申请，而不能分别向它们提出。 　　选项B错误。《安排》第1条规定，内地人民法院认可和执行澳门特别行政区仲裁机构及仲裁员按照澳门特别行政区仲裁法规在澳门作出的民商事仲裁裁决，澳门特别行政区法院认可和执行内地仲裁机构依据《中华人民共和国仲裁法》在内地作出的民商事仲裁裁决，适用本安排。本安排没有规定的，适用认可和执行地的程序法律规定。 　　选项C、D正确。《安排》第3条规定，被申请人的住所地、经常居住地或者财产所在地分别在内地和澳门特别行政区的，申请人可以向一地法院提出认可和执行申请，也可以分别向两地法院提出申请。当事人分别向两地法院提出申请的，两地法院都应当依法进行审查。予以认可的，采取查封、扣押或者冻结被执行人财产等执行措施。仲裁地法院应当先进行执行清偿；另一地法院在收到仲裁地法院关于经执行债权未获清偿情况的证明后，可以对申请人未获清偿的部分进行执行清偿。两地法院执行财产的总额，不得超过依据裁决和法律规定所确定的数额。本题中，合同争议由内地一仲裁机构审理，仲裁地在内地，因此当甲公司分别向内地和澳门法院申请执行时，内地法院应先进行执行清偿。