A、硅属于固态非金属单质，是由硅原子直接构成的，故选项错误．

B、镁属于金属单质，是由镁原子直接构成的，故选项错误．

C、氮分子能直接构成氮气，氮气属于单质；氮分子能直接构成单质，故选项错误．

D、氧原子能构成氧分子，氧分子大量聚集成氧气；氧原子不能直接构成物质，故选项正确．

故选D．