参考答案：

安宫牛黄丸虽然含有黄连药材，但不是君药，故不能仅以黄连生物碱含量作为质控指标，应以安宫牛黄丸中君药牛黄中的主要有效化学成分作为质控指标。而黄连上清丸中黄连为君药，故可以黄连生物碱含量作为主要质控指标。