A、分子、原子、离子都可以直接构成物质，且物质由哪种粒子直接构成，就有哪种粒子保持它的化学性质，所以正确．

B、元素是指具有相同的质子数（或核电荷数）的一类原子的总称，元素之间的本质区别是质子数或核电荷数不同，所以正确．

C、原子的质量主要集中在原子核上，原子核是由质子和中子构成的，每个质子的质量与每个中子的质量相近，原子的质量应是由质子和中子共同决定的，所以错误．

D、水是由水分子直接构成的，物质由哪种粒子直接构成，就有哪种粒子保持它的化学性质，所以正确．

故选C．