参考答案：A

解析：

我国《计算机软件保护条例》第十九条制定了关于软件著作权中的财产权利可以转让的规定。计算机软件著作财产权按照该条的规定发生转让后，必然引起著作权主体的变化，产生新的软件著作权归属关系。原软件著作权人将不再享有软件的使用权、使用许可权和获得报酬的权利，而软件权利的受让者依法成为该软件权利人，可依照法律法规的规定行使或处分其享有的权利。

《计算机软件保护条例》第二十条规定：“转让软件著作权的，当事人应当订立书面合同”。计算机软件著作财产权按照该条的规定发生转让后，必然引起著作权主体的变化，产生新的软件著作权归属关系。软件权利的转让应当根据我国有关法规以签订和执行书面合同的方式进行。软件权利的受让者可依法行使其享有的权利。例如使用权，即在不损害社会公共利益的前提下，以复制、修改、发行、翻译和注释等方式使用软件的权利。

本案例中，由于甲公司已将其开发的商业软件经约定合法转让给乙公司，因此甲公司失去了对该商业软件的使用权，若其再对所转让的商业软件实施修改、发行等行为，则构成侵权。