①原子是化学变化中的最小粒子，在化学变化中不能再分，正确；

②原子在化学变化中是不能再分的粒子；说法错误；

③一切物质都是由原子直接构成的；错误，构成物质的粒子还有分子、离子等；

④一切原子核都是由质子和中子构成的，氢原子除外，错误；

⑤原子不显电性，正确；

⑥原子之间有间隔，正确．

故选B