所谓加碘食用盐就是在普通食盐（纯氯化钠）中加入碘化钾或碘酸钾（按二万分之一的比例）．

A、加碘盐中的“碘”，指不是分子，故A错误；

B、加碘盐中的“碘”，指的是碘元素，故B正确；

C、加碘盐中的“碘”，指不是单质，故C错误；

D、加碘盐中的“碘”，指不是原子，故D错误．

故选B．