参考答案：D

解析： 该公司出口的货物的检验检疫类别属于法定检验商品。该公司位于厦门，根据“自理报检单位应向其工商注册所在地检验检疫机构办理备案登记手续”这一规定，该公司应在厦门检验检疫机构办理自理报检单位备案登记手续。该批货物的出境，岸为上海，产地为安徽，故该公司报检人员应持安徽出入境检验检疫机构签发的《出境货物换证凭单》(正本)或“换证凭条”向上海出入境检验检疫机构申请换发《出境货物通关单》。因此，本题正确答案力D。