A、质子是构成原子的一种粒子，原子可以直接构成物质，而质子不能直接构成物质，故选项正确．

B、分子是构成物质的一种粒子，可直接构成物质，如氧气、水等是由分子直接构成的，故选项错误．

C、原子是构成物质的一种粒子，可直接构成物质，如金属单质是由原子直接构成的，故选项错误．

D、离子是构成物质的一种粒子，但物质可由阴阳离子构成，如氯化钠是由钠离子和氯离子直接构成的，故选项错误．

故选A．