A、因碳是存在于化合物中的，则是指元素，故A正确；

B、碳原子本身对环境无影响，由碳原子直接构成的物质对环境也无影响，则不是指原子，故B错误；

C、不是以碳分子存在的，而是存在于化合物中，故C错误；

D、含碳元素的物质一般不含有离子，故D错误；

故选A．