参考答案：B

解析： 税法规定，已抵扣进项税额的购进货物或应税劳务发生增值税暂行条例规定不允许抵扣情况的，应将该项购进货物或应税劳务的进项税额从当期发生的进项税额中扣减。无法准确确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额。实际成本 (进价+运费+保险费+其他有关费用)乘以按征税时该货物或应税劳务适用的税率计算应扣减的进项税额。题中被盗的食品生产成本中的料工费能够准确划分，因此计算应转出进项税额的依据包括材料成本费用，但不能包括直接人工和制造费用。应转出进项税额=20000×40%×13%=1040(元)因此正确答案选B。