参考答案：B

解析： 计算机软件知识产权包括著作权、专利权、商标权和制止不正当竞争的权利等。侵犯软件知识产权的主要行为是未经许可的复制，即盗版，而著作权法的主要功能就是禁止未经许可的复制。擅自复制程序代码和擅自销售程序代码的复制品，将侵犯该程序原作者的著作权。因此本案例中，该软件开发公司在销售该公司自行开发的应用软件的同时，向客户提供该工具软件的复制品，这是一种侵犯该工具软件作者的著作权的行为。