参考答案：D

解析： A选项，根据《民事诉讼法》第86条第l款的规定，人民法院进行调解，可以由审判员一人主持，也可以由合议庭主持，并尽可能就地进行。由此可见，法院调解活动可以由审判员和书记员共同主持的说法是不正确的，A选项错误。
B选项，根据《民事诉讼法》第155条的规定，第二审人民法院审理上诉案件，可以进行调解。调解达成协议，应当制作调解书，由审判人员、书记员署名，加盖人民法院印章。调解书送达后，原审人民法院的判决即视为撤销。由此可见，二审法院通过调解使双方当事人达成协议后，不必在调解书中注明撤销原一审判决，在调解书送达后，原一审判决即视为撤销。因此，B选项错误。
C选项，根据《民诉意见》第97条的规定，无独立请求权的第三人参加诉讼的案件，人民法院调解时需要确定无独立请求权的第三人承担义务的，应经第三人的同意，调解书应当同时送达第三人。第三人在调解书送达前反悔的，人民法院应当及时判决。由此可见，人民法院在对无独立请求权的第三人参加诉讼的案件进行调解时，必须征得第三人的同意，而不可以直接在调解书中确定无独立请求权第三人承担责任。因此，C选项错误。
D选项，根据《民事调解规定》第2条的规定，对于有可能通过调解解决的民事案件，人民法院应当调解。但适用特别程序、督促程序、公示催告程序、破产还债程序的案件，婚姻关系、身份关系确认案件以及其他依案件性质不能进行调解的民事案件，人民法院不予调解。由此可见，依照审判监督程序再审的案件未在人民法院不予调解的例外情形之中。因此，人民法院可以对依照审判监督程序再审的案件进行调解，D选项正确。