A、氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，故A错误；

B、蒸馏水是由水分子构成的，故B错误；

C、氮气是由氮分子构成的，故C错误；

D、铜是一种金属单质，没有分子，是由铜原子直接构成的，故D正确．

故选D．