某市新建一处占地80公顷的公园，现已初具规模，市园林行政主管部门为加强该园管理工作，拟在公园总体规划已确定的管理用房位置，向市规划行政主管部门提出审查，要求兴建一懂三层办公管理用房，经市规划行政主管部门研究同意该项申请，并核发建筑工程许可证。该工程建设期间，市规划行政主管部门两名执法人员，到现场监督检查时，发现该项工程正在砌四层墙体，有的已砌到了2米多高，与此同时，还发现该工程擅自增建了一层地下室，并且还在该楼的每个房间内增设了一个卫生间，为此执法人员当即找到了该工程的主管负责人和单位法人，在核对、查清事实后，发出了停工通知书，责令该工程立即停工，听候处理。

市规划行政主管部门应该如何处理？