A、用扫描隧道显微镜能拍摄到苯分子说明了分子尽管很小，但却是真实存在的，故选项说法正确．

B、金刚石坚硬而石墨质地很软是因为构成它们的碳原子排列不同，而不是原子结构不同，故选项说法错误．

C、敞口放置的酒精溶液逐渐变稀是因为酒精分子不断的运动到空气中去，使酒精溶液中的溶质减少，故选项说法正确．

D、双氧水能杀菌消毒而水则不能是因为两种物质的分子构成不同，不同物质的分子，性质不同，故选项说法正确．

故选B．