A、墙内开花墙外香说明分子在不断运动，与分子间有间隔没有直接关系；故错误；

B、分子很小，肉眼看不见不能说明分子间有间隔；故错误；

C、芝麻和大米之间的间隔，不属于分子之间的间隔，属于宏观物质之间的间隔；故错；

D、1L水与1L酒精混合，所得溶液的体积小于2L，是因为分子间有间隔，水和酒精的分子相互进入了对方的间隔，造成总体积减小，所以正确．

故选D．