（1）金刚石和石墨都是由碳元素构成的，但是它们的碳原子排列方式不同，金刚石中的碳原子是立体网状结构，而石墨是层状结构，所以它们的性质不同；

（2）金刚石和钠都是由原子直接构成的单质，金刚石性质稳定，钠的性质活泼，是因为构成金刚石的碳原子最外层有4个电子，不易得失，故性质稳定；而钠原子最外层有两个电子，易失去，故性质活泼；

（3）一氧化碳和二氧化碳都是碳的氧化物，化学性质差别很大，原因是二者的分子结构不同，一个一氧化碳分子比一个二氧化碳分子少一个氧原子．

故答案为：（1）碳原子的排列方式不同；

（2）原子的最外层电子数不同；

（3）分子的构成不同．