A不是所有的物质都是由分子构成的，有些物质有原子或离子构成，此项错误；

B、由同种元素组成的纯净物一定是单质，必须强调是纯净物，此项错误；

C、只含一种元素的物质一定不是化合物，因为化合物至少含有两种元素，此项正确；

D、含氧元素的化合物不一定是氧化物，氧化物中只有两种元素，如果含量两种以上元素的物质中也含有氧元素，那么都不属于氧化物，此项错误．

故选C