A、元素是指具有相同核电荷数或核内质子数的一类原子的总称，所以决定元素种类的是质子数或核电荷数，故A说法正确；

B、分子和原子的联系是分子都是由原子构成的，故B说法正确；

C、原子是化学变化中的最小粒子，也就是说在化学变化中原子不能再分，故C说法错误，

D、由于原子中质子数相同的核内中子数不一定相同，所以原子种类决定于质子数和中子数，故D说法正确．

故选C．