参考答案：B

解析： 本题中，因为甲公司的要约中规定了承诺期限，所以要约不得撤销，要约也就不可能因为甲公司要撤销而失效，故排除AC项。“9月13日，甲公司收到乙公司的回复，乙公司表示红木缺货，问甲公司能否用杉木代替。”这实际上是乙公司对甲公司的要约内容作出了实质性变更，已经属于新要约，因此甲公司关于订购红木的要约在9月13日失效，失效的原因是乙公司对要约的内容作出实质性变更，故排除D项。本题的正确答案是B。