参考答案：A

解析：[测试点] 全国人民代表大会的职权。 《宪法》第31条：国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。第62条：全国人民代表大会行使下列职权：……(十三)决定特别行政区的设立及其制度；……。 依此，有权决定在我国境内设立特别行政区及其制度的机关是全国人民代表大会，故A项为正确答案。