参考答案：A

解析： 根据《宪法》第62条第(3)项规定，全国人民代表大会行使制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律，因为特别行政区基本法是基本法律，制定机关是全国人民代表大会，因此由全国人民代表大会行使本法的制定权和修改权。本题选A项。