参考答案：A

解析：本题涉及商标注册申请是“一件商标、一类商品、一份申请”还是“一件商标、一份申请”的问题。由于商品品种成千上万，为了便于办理商标注册，必须制定商品分类表。自1988年11月1日，我国开始采用《关于商标注册用商品和服务国际分类尼斯协定》所建立的《商品与服务分类表》。按照《商品与服务分类表》的规定，“米”属于第 30类商品，“鱼”属于第29类商品。即石某是要申请一个商标“益康”使用在两类不同的商品上。按照《商标法》第20条的规定，商标注册申请人在不同类别的商品上申请注册同一商标的，应当按商品分类表提出注册申请。 《商标法实施条例》第13条进一步规定，“申请商标注册，应当按照公布的商品和服务分类表按类申请”。这一规定要求在不同类别的商品上申请注册同一商标的，须按类分别提出申请，“一件商标、一类商品、一份申请”。而要求“一件商标、一类商品、一份申请”是以商品分类为基础而不是根据申请人是否为自然人来要求的。 因此，石某应按照商品分类表提出两份注册申请。所以，本题的正确选项应是A。