A、铜属于金属单质，是由铜原子直接构成的；氯化钠（食盐）是由钠离子和氯离子构成的；故选项错误．

B、氧气属于气态非金属单质，是由氧分子构成的；金刚石属于固态非金属单质，是由碳原子直接构成的；故选项错误．

C、水是由水分子构成的；二氧化碳是由二氧化碳分子构成的；故选项正确．

D、氢气属于气态非金属单质，是由氢分子构成的；氦气属于稀有气体单质，是由氦原子直接构成的；故选项错误．

故选C．