A、铁杵磨成针是物理变化，铁是由铁原子构成的，原子大小没有发生变化，故A错误；

B、食物变质，就是食物变成了不能被食用的其他物质，在这个过程生成了新的物质，也就是分子本身发生了变化，故B正确；

C、冰淇淋融化，是由固态变成液态，所以分子空隙改变，故C正确；

D、闻到花香，是由于分子不断运动到人的鼻孔刺激嗅觉细胞，人闻到香味，故D正确．

故选：A．